本院致力推動海洋科學、海洋工程與技術、海洋天然物及生物科技、海洋事務與政策等研究，並拓展與各學院合作關係，建構海洋領域成為本校特色。未來五年或更長程的發展中，除繼續努力校內各學院整合外，並將加強跨校合作、國際交流、產學合作等，朝國內海洋科學首屈一指、國際知名學府之目標邁進。

發展策略：
一、推動海洋研究與教學，藉由與本校各學院建立跨領域合作關係，實現中山大學成為以海洋為特色之綜合大學。
二、加強產學合作，在海洋環境監測保育、海洋資源利用、能源開發、海洋生藥及海洋工程技術等專業領域，提供專業意見及服務。
三、落實教學國際化，推動核心課程英語教學，增加外籍學生入學，鼓勵學生參加跨國交換學習、國際學術活動、跨國採樣及研究。
四、配合國家政策發展及海洋新興產業，如海洋委員會成立後相關發展及目標，包括海洋事務教研、離岸風機發展及未來相應之海洋生態保育與工程維護之平衡，於人才培育及科學研究上擴大推展。

執行重點項目：
一、推動海洋教育及海洋認知，提高年輕世代投入海洋專業之興趣及雄心，並培育學生成為具國際視野之海洋專業人才。
二、建構優質教研團隊，整合現有師資，透過新聘擇才，發展整合創新。
三、強化跨領域學習機制，普及具海洋特色的通識教育。
四、加強產學合作關係，鼓勵學生業界實習，縮短學用落差，提高學生就業能力。
五、成為我國海洋事務及產業發展在人才培養及研究上之主力單位。
六、持續加強經營東沙國際海洋研究站，整合生物多樣性及環境變遷之研究，邁向世界一流海洋研究機構，並成為南海研究之門戶。
七、運用本院海洋教研能量服務社會，培養國民海洋意識，協助海洋產業發展。